Biosistemas e Enxeñaría de Bioprocesos
Dende a modelaxe matemática e a simulación por ordenador ata o deseño, control e optimización de bioprocesos e sistemas biolóxicos.
O mundo que nos rodea pódese explicar en gran medida entendendo os sistemas que o compoñen e os procesos que os conectan.
O Grupo de Biosistemas e Enxeñaría de Bioprocesos do IIM-CSIC traballa para desenvolver novos métodos e ferramentas (fundamentalmente software) orientados á enxeñaría de sistemas de procesos que permitan a simulación, optimización e control de bioprocesos, tales como os implicados no procesado e conservación de alimentos e na biotecnoloxía industrial.
O grupo aplica métodos de enxeñaría de sistemas de procesos para mellorar a eficiencia de procesos industriais chave, reducindo así o seu impacto medioambiental e mellorando a calidade e seguridade dos seus produtos.
O obxectivo do seu estudo é a identificación de modelos e a optimización, vixilancia e control robusto dos sistemas dinámicos non lineais, incluídos os sistemas de parámetros distribuídos (convección-difusión-reacción). O grupo contempla un amplo espectro de aplicacións, fundamentalmente a xestión de pesquerías, o procesado, a calidade e a seguridade dos alimentos (incluída a resistencia a axentes antimicrobianos) e a biotecnoloxía industrial.
- DigitAlg -
<p>Programa Ciencias Mariñas: Xemelgo dixital do cultivo de algas na acuicultura multitrófica integrada</p>
Investigador/a Principal:BalsaCantoEvaInstitución financiadora:El Programa de Ciencias Mariñas de Galicia es 1 de los 5 programas de Ciencias Marinas de los Planes Complementarios de I+D+I del Plan de Recuperación Transformación y Resilencia. Financiado por FEMP/FEMPA.Financiamento para o IIM-CSIC:122667€Accede á páxina do proxectoDoao - ATOPES -
<p>Programa Ciencias Mariñas: Aplicación de Tecnoloxías Innovadoras para a Obtención de Datos Pesqueiros</p>
Investigador/a Principal:TaboadaAnteloLuisInstitución financiadora:El Programa de Ciencias Mariñas de Galicia es 1 de los 5 programas de Ciencias Marinas de los Planes Complementarios de I+D+I con las CCAA del Plan de Recuperación Transformación y Resilencia (NextGenerationEU).Financiamento para o IIM-CSIC:137391€Accede á páxina do proxectoDoao - DATAMARE -
<p>Programa Ciencias Mariñas: Plataforma integrada de datos mariños</p>
Investigador/a Principal:VeloLanchasAntónInstitución financiadora:El Programa de Ciencias Mariñas de Galicia es 1 de los 5 programas de Ciencias Marinas de los Planes Complementarios de I+D+I con las CCAA del Plan de Recuperación Transformación y Resilencia (NextGenerationEU).Financiamento para o IIM-CSIC:112585€Accede á páxina do proxectoDoao - PreCalA -
<p>Programa Ciencias Mariñas: Ferramentas para a predición da calidade en productos da acuicultura</p>
Investigador/a Principal:VilasFernándezCarlosInstitución financiadora:El Programa de Ciencias Mariñas de Galicia es 1 de los 5 programas de Ciencias Marinas de los Planes Complementarios de I+D+I del Plan de Recuperación Transformación y Resilencia. Financiado por FEMP/FEMPA.Financiamento para o IIM-CSIC:100281€Accede á páxina do proxectoDoao - aCIDit -
<p>a-CIDiT - Modelos basados en datos y actualización de modelos para gemelos digitales</p>
Investigador/a Principal:TaboadaAnteloLuisVilasFernándezCarlosInstitución financiadora:Ayuda PID2021-123654OB-C32 financiada por MCIN/AEI/10.13039/501100011033 y por la Unión Europea NextGenerationEU/PRTRFinanciamento para o IIM-CSIC:94200€Accede á páxina do proxectoDoao
- Ovalle, J.C.; Vilas, C.; Antelo, L.T. (2022) On the use of deep learning for fish species recognition and quantification on board fishing vessels Marine Policy DOI:10.1016/j.marpol.2022.105015
- Pedreira, A.; Vázquez, J.A.; García, M.R. (2022) Kinetics of Bacterial Adaptation, Growth, and Death at Didecyldimethylammonium Chloride sub-MIC Concentrations Frontiers in Microbiology DOI:10.3389/fmicb.2022.758237
- González, P.; Osorio, R.R.; Pardo, X.C.; Banga, J.R.; Doallo, R. (2022) An efficient ant colony optimization framework for HPC environments Applied Soft Computing Journal DOI:10.1016/j.asoc.2021.108058
- Otero-Muras I; Banga JR (2021) Synthetic Gene Circuit Analysis and Optimization " Computational Methods in Synthetic Biology" Humana Press / Springer ISBN:978-1-0716-0822-7
- Otero-Muras I; Banga JR (2021) Automated Biocircuit Design with SYNBADm " Synthetic Gene Circuits" Springer ISBN:978-1-0716-1031-2
- TFM - Andrea Arribas Jimeno (26/09/2022) Aplicabilidad de la tecnología de imágenes hiperespectrales (HSI) como método no invasivo para la evaluación de la calidad del pescado UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE COMPOSTELA
- TFM - Artai Rodríguez Moimenta (19/07/2020) Desarrollo de un modelo de corte mecanístico que permita describir un proceso de fermentación mixta Universidad de Vigo (UVigo)
- TFG - Laura Honrubia Baamonde (11/07/2019) Optimization of Benzalkonium Chloride treatment in the disinfection of L. Monocytogenes in the Food Industry UNIVERSIDAD DE LLEIDA
- TFM - Pablo de la Torre Fernández (20/09/2018) Modelado del proceso de fermenatición vínica: co-cultivo de especies no convencionales Universidade da Coruña
- PhD - Alejandro López Núñez (18/07/2018) CONTRIBUTIONS TO MATHEMATICAL MODELLING AND NUMERICAL SIMULATION OF BIOFILMS UdC
- WASHTOP -
<p>Water Associated Safety Hazards in the Treatment of Produce</p>
Investigador/a Principal:RodríguezGarcíaMíriamInstitución financiadora:European Food Safety Authority (EFSA)Financiamento para o IIM-CSIC:80000€Accede á páxina do proxectoDoao
- Capacidades | Desenvolvemento de sensores intelixentes para optimizar o procesamento e a conservación dos alimentos
Desenvolvemento de métodos e tecnoloxías non invasoras (como a tecnoloxía de toma de imaxe hiperespectral) para inspeccionar a calidade dos produtos alimentarios.
- Capacidades | Evaluación del valor nutricional de los productos del mar y diseño de tratamientos y productos para nutrición personalizada
Diseño y desarrollo de productos del mar para personas consumidoras objetivo (tercera edad, jóvenes, pacientes con diabetes o alergias al marisco, etc.) que cumplan unos requisitos específicos tanto nutricionales como de seguridad y sostenibilidad. Desarrollo de técnicas (metabolómicas, proteómicas, genómicas, lipidómicas, etc.) mediante el uso de modelos animales y cultivos celulares para caracterizar la respuesta a una dieta de pacientes o personas consumidoras y diseñar tratamientos y productos para una nutrición personalizada (p. ej., nutracéuticos, productos del mar hipoalergénicos, inmunoestimulantes, alimentos funcionales, etc.).
- Capacidades | Desarrollo de nuevos productos alimentarios a partir de subproductos de la pesca y de la acuicultura
Desarrollo de procesos para la transformación de descartes y subproductos del mar en nuevas materias primas (pasta de pescado, aceite de pescado, etc.) con valor añadido para la generación de innovadores productos alimentarios procesados (hamburguesas, nuggets, etc.), garantizando su trazabilidad, su valor nutricional y su seguridad a lo largo de nuevas cadenas de valor.
- Capabilities | Development of integrated plant-wide control and optimization for food industry
Multi-scale modeling for flexible decision-making and optimization of complex processes (i.e., sterilization) based on safety and quality control of food products using non-invasive techniques (software sensors, etc).
- Capacidades | Avaliación do valor nutricional dos produtos do mar e deseño de tratamentos e produtos para nutrición personalizada
Deseño e desenvolvemento de produtos do mar para persoas consumidoras obxectivo (terceira idade, mocidade, pacientes con diabetes ou alerxias ao marisco, etc.) que cumpran uns requisitos específicos tanto nutricionais como de seguridade e sostibilidade. Desenvolvemento de técnicas (metabolómicas, proteómicas, xenómicas, lipidómicas, etc.) mediante o uso de modelos animais e cultivos celulares para caracterizar a resposta a unha dieta de pacientes ou persoas consumidoras e deseñar tratamentos e produtos para unha nutrición personalizada (p. ex., nutracéuticos, produtos do mar hipoalerxénicos, inmunoestimulantes, alimentos funcionais, etc.).
- Software | AMIGO2: Advanced Modelling and Identification using Global Optimization (modelaxe e identificación avanzada mediante optimización global), versión 2
AMIGO2 é un kit de ferramentas multiplataforma baseado en MATLAB deseñado para resolver problemas de optimización matemática básicos para a bioloxía de sistemas, dentro do contexto da identificación de modelos paramétricos, a hipótese subxacente ao desenvolvemento de modelos e o control óptimo dos sistemas biolóxicos para acadar o comportamento desexado de forma sintética.
Podes atopar máis información aquí.
- Software | MITS: algoritmo baseado en procura tabú para problemas non lineais enteiro-mixtos (MINLP)
Método descrito en: Exler, O., L.T. Antelo, J.A. Egea, A.A. Alonso and J.R. Banga (2008) A Tabu search-based algorithm for mixed-integer nonlinear problems and its application to integrated process and control system design. Computers & Chemical Engineering, 32(8):1877-1891.
O software está dispoñible baixo petición (escríbenos se che interesa).
- Software | PREMER: inferencia rápida en redes con teoría da información
PREMER (Parallel Reverse Engineering with Mutual information & Entropy Reduction [enxeñaría inversa paralela con información mutua e redución de entropía]) é unha ferramenta de software multiplataforma de código aberto para inferencia de estruturas de redes a partir de datos mediante medidas de teoría da información. É unha ferramenta de uso xeral desenvolvida pensando en redes biolóxicas, pero pódese aplicar a outros campos.
Podes atopar máis información aquí.
- Software | ACOmi: optimización por colonia de formigas de problemas de programación non lineais enteiro-mixtos (MINLP)
O método descríbese en Schlater, M., J. A. Egea y J. R. Banga (2009). Extended ant colony optimization for non-convex mixed integer nonlinear programming. Computers & Operations Research 36(7): 2217-2229.
O software está dispoñible baixo petición (escríbenos se che interesa).
- Software | BioPreDyn-bench: paquete de problemas de referencia para modelaxe dinámica en bioloxía de sistemas
BioPreDyn-Bench é un paquete de problemas de referencia para modelaxe dinámica en bioloxía de sistemas. Actualmente contén seis problemas complexos de estimación de parámetros que aspiran a servir de casos de proba de referencia neste eido. Este paquete inclúe modelos cinéticos a media e grande escala de células de E. coli, S. cerevisiae, D. melanogaster, ovario de hámster chinés (CHO) e unha rede de sinalización xenérica. O nivel de descrición inclúe o metabolismo, a transcrición, a transdución de sinais e o desenvolvemento.
Podes atopar máis información aquí.
